Sejarah berdirinya Gereja Sidang Jemaat Allah (GSJA) Siloam Kayu Putih diawali dari pelayanan kebaktian rohani yang dimulai oleh beberapa hamba Tuhan dari Jakarta. Mereka adalah Pdt. Benny Mundung, S.Th., bersama rekan-rekan pelayanannya, yaitu Bapak Benyamin dan almarhumah Ibu Nike. Ketiganya diutus oleh pendeta senior mereka untuk melayani di Kota Kupang. Pada tahun 2006, GSJA Siloam Kayu Putih mulai dirintis, dengan Pdt. Benny Mundung, S.Th., sebagai gembala sidang, didukung oleh beberapa rekan pelayanan lainnya seperti Bapak Ady Lodo Rohi, Ibu Wulan Sere, dan Ibu Idah To Mahu yang turut menopang pelayanan melalui doa dan puasa.

Nama “Siloam”, yang berarti “yang diutus”, diyakini diberikan Tuhan bagi jemaat ini. Pelayanan awal dimulai dengan penyelenggaraan Kebaktian Kebangunan Rohani (KKR) selama lima hari, pagi dan sore. Melalui KKR tersebut terjadi berbagai kesaksian mujizat kesembuhan ilahi; beberapa orang yang hadir mengalami pemulihan dan kemudian bergabung sebagai jemaat. Pada masa perintisan ini, ibadah masih berpindah-pindah tempat: dimulai dari Hotel Kristal lantai 2, kemudian berpindah ke Ruko Dunia Buana di samping Bank BCA, berlanjut ke Hotel Dewata, hingga akhirnya ke daerah Oeba di Jalan Merdeka. Di sana jumlah jemaat terus bertambah, namun gedung tersebut hanya dapat digunakan sementara karena merupakan pinjaman.

Pada tahun 2007, gedung di Oeba digunakan oleh pihak lain sehingga jemaat harus berpindah ke Oepura, tepatnya di ruko dekat Toko Glori—Apotek Generikal lantai 2. Selanjutnya pada tahun 2012, GSJA Siloam Kayu Putih akhirnya menempati lokasi tetap di Kelurahan Kayu Putih, Kecamatan Oebobo, Kota Kupang, pada tanah milik sendiri. Sejak saat itu jemaat memulai pembangunan gedung gereja secara mandiri, dimulai dari kondisi jemaat yang hanya sekitar lima kepala keluarga. Pelayanan terus bertumbuh, hingga gedung gereja dapat dibangun secara permanen sebagaimana yang berdiri sekarang. Dengan demikian, sejak tahun 2012 GSJA Siloam Kayu Putih telah berdomisili di lokasi tersebut sebagai gereja dengan bangunan dan tanah milik sendiri, dan terus berkembang sebagai Gereja Sidang Jemaat Allah Siloam.